Організаційна структура центрального апарату МНС України

• Служба Міністра
• Департамент кадрів та роботи з особовим складом
• Департамент організаційно -контрольної роботи
• Департамент управління рятувальними силами
• Департамент цивільного захисту
• Департамент ресурсного забезпечення та підготовки до чемпіонату Європи з футболу 2012 року
• Департамент фінансового забезпечення та інвестицій
•  Управління медичного забезпечення та з питань створення і впровадження Системи 112
• Управління бухгалтерського обліку і фінансової звітності
• Управління зв'язку та оповіщення
• Управління внутрішнього аудиту, безпеки, запобігання та виявлення корупції
• Управління правового забезпечення
• Відділ взаємодії з Верховною Радою України, Кабінетом Міністрів України та з питань координації роботи центральних органів виконавчої влади, діяльність яких спрямовується та координується через Міністра
• Відділ зв'язків із засобами масової інформації та роботи з громадськістю
•  Відділ міжнародних відносин

• Режимно-таємний сектор
• Сектор спеціального зв'язку
  
• Сектор мобілізаційної роботи

Центральні органи виконавчої влади, діяльність яких спрямовується і координується Кабінетом Міністрів України через Міністра надзвичайних ситуацій 

• Державне агентство України з управління зоною відчуження
• Державна служба гірничого нагляду та промислової безпеки України
• Державна інспекція техногенної безпеки України